Puteri Margrethe (disebut Margrete) diputerakan di Istana Amalienborg, Copenhagen, kepada Putera Mahkota Frederik dan Puteri Mahkota Ingrid. Baginda dibaptiskan pada 14 Mei 1940 di Gereja Naval. Disebabkan Raja Denmark pada masa itu juga ialah Raja Iceland, puteri ini juga telah diberi nama dalam bahasa Iceland, iaitu, Þórhildur (Þ ialah huruf khas Iceland dan disebut 'th').

Bonda dan ayahanda angkat baginda ialah Raja Christian X dari Denmark, Putera Knud dari Denmark, Putera Axel dari Denmark, Raja Gustaf V dari Sweden, Raja Gustaf VI Adolf dari Sweden, Putera Gustaf Adolf dari Sweden, Duke Connaught, Ratu Alexandrine dari Denmark, Puteri Thyra dari Denmark, Ratu Louise dari Sweden, Puteri Helena Viktoria dari Denmark, Puan Patricia Ramsay, Puteri Mahkota Cecile dari Prussia, dan Puteri Margrethe dari Bourbon-Parma.

Cogan kata rasmi Ratu Margrethe II ialah: Guds hjælp, Folkets kærlighed, Danmarks styrke, "Pertolongan Tuhan, kasih sayang daripada rakyat, kekuatan Denmark".